近日，中國科學(xué)院微生物研究所趙瑞琳團(tuán)隊(duì)在期刊Fungal Diversity上發(fā)表題名為“Phylogenomics, divergence times and notes of orders in Basidiomycota”的論文。團(tuán)隊(duì)通過構(gòu)建擔(dān)子菌門系統(tǒng)演化基因組圖譜，推斷各類群的演化時間等，澄清分類問題，更新了擔(dān)子菌門的分類系統(tǒng)。

擔(dān)子菌門（Basidiomycota）是真菌界中僅次于子囊菌門的第二大類群，物種超過4萬種，約占已知真菌總物種數(shù)的1/3；包含了絕大多數(shù)食藥用菌、毒蘑菇等大型真菌及銹菌、黑粉菌等重要的植物病原真菌，不僅具有重要的生態(tài)價值，而且和人類經(jīng)濟(jì)活動關(guān)系緊密。

分類系統(tǒng)承載了生物多樣性信息，并且是相關(guān)信息存儲和快速提取的依托，在生物多樣性研究、保護(hù)和可持續(xù)利用中發(fā)揮關(guān)鍵性的基礎(chǔ)作用。針對擔(dān)子菌門的各級分類系統(tǒng)存在相互矛盾、部分名稱不合法、分類系統(tǒng)和系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系不吻合等問題，趙瑞琳團(tuán)隊(duì)長期致力于澄清擔(dān)子菌門內(nèi)的演化關(guān)系（Zhao et al., 2017 in Fungal Diversity），并于2019年修訂了全世界最完整的擔(dān)子菌門分類系統(tǒng)（He et al., 2019 in Fungal Diversity）。

近期，該團(tuán)隊(duì)針對擔(dān)子菌門近4年全球分類學(xué)研究進(jìn)展，以488個物種的基因組數(shù)據(jù)為基礎(chǔ)，通過提取1764個直系單拷貝同源基因構(gòu)建擔(dān)子菌門系統(tǒng)演化基因組發(fā)育圖譜（圖1）并估算各個階元的演化時間范圍，更新?lián)泳T分類系統(tǒng)至4亞門、20綱、77目、297科和2134屬。同時編撰了擔(dān)子菌門目等級的分類詞典，澄清多個分類學(xué)問題，進(jìn)一步穩(wěn)定擔(dān)子菌門分類系統(tǒng)。相關(guān)研究成果在中國科學(xué)院微生物所國家微生物科學(xué)數(shù)據(jù)中心相關(guān)網(wǎng)站（https://nmdc.cn/macrofungi/）同步更新，為多領(lǐng)域提供完整準(zhǔn)確的分類信息。

圖1 擔(dān)子菌門系統(tǒng)發(fā)育基因組圖譜

該項(xiàng)研究由25個國家的93名真菌學(xué)者共同完成，中國科學(xué)院微生物研究所賀茂強(qiáng)博士后、曹檳助理研究員和劉飛助理研究員為文章共同第一作者，趙瑞琳研究員為通信作者。該研究獲得國家重點(diǎn)研發(fā)計(jì)劃項(xiàng)目（2022YFD1200605）、國家自然科學(xué)基金（32100011，31961143010，31970010）等多個項(xiàng)目支持。

供稿：曹檳